Los ejemplos son muy diversos: Investigaciones recientes en Australia y la sabana africana han demostrado que los procesos digestivos de las termitas aumentan el acceso de nutrientes a las plantas. Por ello, su papel en el ciclo agrícola tradicional es básico, al ser capaces de fertilizar y recuperar hasta los suelos más duros o degradados.
En Brasil, una especie de bacteria que se fija al nitrógeno, llamada Bradyrhizobium, está reemplazando el uso de fertilizantes industriales en cultivos de soja. Según la doctora Fátima Moreira, microbióloga de la Universidad brasileña de Lavras, una zona de su país que cubre 14 millones de hectáreas ha sido cultivada de esta forma, "ahorrando a la economía nacional cerca de mil millones de dólares anuales". Y en las plantaciones de té del estado indio de Tamil Nadu se han reintroducido unos gusanos de tierra que han incrementado las cosechas en casi un 300%.
La capacidad de algunas bacterias y hongos de combatir ciertos patógenos puede ser de gran ayuda para depurar el agua potable subterránea o en la lucha contra diversas plagas y enfermedades tanto en humanos como en animales. Asimismo, se sabe que muchos de estos organismos están involucrados en la liberación desde el suelo de dióxido de carbono, metano y otros gases de efecto invernadero. Los científicos también investigan la capacidad de los organismos subterráneos para influir en la capacidad de absorción del suelo, especialmente en zonas propensas a sequías, inundaciones y erosión.
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